南京医科大学外国语学院成立于2006年，由南京医科大学基础医学院外语部转设而来，其前身可溯源至学校创建初期的外语教研组。学院是教育部考试中心全国医学英语考试专家组组长单位、中华医学会医学英语学组、全国医学英语师资培训基地、全国医学英语水平考试（METS）教研中心。

2003年开设四年制本科英语专业，2007年培养出我省医学英语方向英语专业首批本科毕业生。英语专业是江苏省“一流本科专业”和“省一流特色专业”。

学院现有教职工62人，高级职称教师19人。设有英语系、大学外语部、研究生外语部、医学英语部、语言文化研究所、翻译中心、外语培训中心、外语实践教育中心、外语课程思政虚拟教研室、“青兰”辅导员工作室、英文报编辑部。开设专业英语、通用英语、学术英语、医学英语以及日语、法语等30余门课程。

学院教学团队获首届全国高等学校外语课程思政教学比赛总决赛一等奖、外研社杯“教学之星”大赛全国总决赛一等奖、外教社杯全国高校外语教学大赛微课比赛江苏赛区一等奖。学院承担国家卫健委人才中心医学英语水平考试和国际健康人才英语考试重点研究项目，与江苏省和南京市卫健委建立协作关系，为各类医院提供外语语言服务，为健康江苏和健康中国事业贡献力量。

学院与美国南卡罗莱纳大学（University of South Carolina）、英国华威大学（University of Warwick）、英国兰卡斯特大学（Lancaster University）等世界著名高校建立英语专业学生访学合作项目和人才培养计划。